لقيت شجرة الدر حتفها ضرباً بالقبابيب والنّعال حتى الموت؛ وذلك بتدبير من زوجة السلطان عز الدين أيبك الأخرى، ويُذكر في سبب قتلها بأنّها قتلت زوجها أيبك عندما علمت بأنّه يريد الزواج عليها، فسارعت بتحريض رجال الخدم على قتله بالحمام، وعندما أدرك ابنه علي ذلك أراد الانتقام منها وقتلها، فقبض عليها، وسلّمها إلى والدته التي طلبت من جواريها ضرب شجرة الدر حتى الموت