لا يصلح الميكروسكوب الإلكتروني لفحص كل العينات حيث انه اذا تم تجاوزه لقدرة التكبير 2000× حيث أنها قد تصبح الصورة للعينة غير واضحة او انها ضبابية
عدم إمكانية استخدامها لمراقبة الخلايا الحية؛ وذلك لأنّ العينة يجب أن تخضع للتجفيف، ولجرعة عالية من الإشعاع مما يؤدي إلى موتها.
