حدثت بيعة العقبة الثانية في العام الثالث عشر للبعثة، حيث جاء مصعب بن عمير رضي اللّه عنه ومعه من الذين أسلموا من أهل يثرب وكان عددهم ثلاثة وسبعون رجلا وامرأتان والتقوا الرسول صلى الله عليه وسلم عند العقبة ليلاً وجاء مع النبي صلى الله عليه وسلم عمه العباس بن عبد المطلب وكان مشركاً إلا أنه أراد أن يأخذ عليهم الأمان لابن أخيه، وكان العباس أول متكلم، ثم تكلم الرسول صلى الله عليه وسلم فتلا القرآن ودعا إلى اللّه ورغّب في الإِسلام، فبايعوه على :
1- السمع والطاعة في المنشط والمكره.
2- النفقة في العسر واليسر.
3- الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر.
4- ألاَّ تأخذهم في اللّه لومة لائم.
5- أن يمنعوه مما يمنعون منه نساءهم وأبناءهم.
استمر صلى الله عليه وسلم في الدعوة بعد أن انتهت البيعة إلا أن أذى قريش اشتد وعلا على المسلمين، فأمرهم الرسول صلى الله عليه وسلم بالهجرة إلى يثرب، فهاجر المسلمون فرادى وجماعات سراً، حتى لا يعلم المشركون بالهجرة،