أسماء مدراء جامعة الخرطوم هم كالتالي :
نصر الحاج علي
النذير دفع الله
عمر محمد عثمان
مصطفى حسن اسحاق
عبد الله الطيب
عبدالله احمد عبد الله
علي محمد فضل
عمر محمد بليل
يوسف فضل حسن
مدثر الدرديري التنقاري
مأمون محمد علي حميدة
هاشم محمد الهادي
الزبير بشير طه نصر
عبد الملك محمد عبد الرحمن
ابراهيم احمد غندور
محمد احمد علي الشيخ
مصطفى ادريس منذ عام 2009 و حتى الآن
