تقع منابع نهر النيل في هضبة البحيرات في أوغندا، وتنزانيا، وبرواندي، وهي بحيرات فيكتوريا، وألبرت واد وارت ضمن الدائرة الاستوائية التي يسودها أمطار دائمة وغزيرة على مدار العام ممّا وفر للنهر مصدر مياه دائم. وبعد خروج النهر من الدائرة الاستوائية تتناقص كميات الأمطار إذ ينتقل إلى بيئات ذات أمطار صيفية.
