آخر قاضٍ في أيام الكلدانيين كان نبونيدوس الثاني (Nabonidus II)، والذي حكم من عام 556 قبل الميلاد حتى عام 539 قبل الميلاد. كان نبونيدوس الثاني ملك بابل وهو من الكلدانيين، وكان يعتبر أحد الأباطرة الآخرين في تاريخ بابل القديمة. وقد قاد نبونيدوس سياسات إصلاحية وأعمال إعمار في بابل ومعابدها.
مع اقتراب جيش الفرس بقيادة الملك سيروس الثاني من بابل، استسلم نبونيدوس دون قتال واحتلت بابل في عام 539 قبل الميلاد. وبهذا الحدث، انتهت فترة حكم الكلدانيين في بابل وبدأت الفترة الفارسية الأخمينية بقيادة سيروس الثاني.
