اسباب تدهور مشروع الجزيرة:
تاثير تراكم الطمي على أداء خزاني سنار والروصيرص حيث فقدا نصف طاقتيهما التخزينية
أدت زيادة الإنتاج من القطن في آسيا الوسطى والصين والهند إلى تدني أسعاره عالميا مما اثر بالسلب على دخل مشروع الجزيرة والمزارعين من محصول القطن
هجرة عدد كبير من المزارعين للزراعه وتركها بسبب الزيادة الكبيرة في تكاليف الإنتاج وانخفاض العائد
دخل المشروع عمليا فيما يسمى بالحلقة المفرغة والتي تبدأ بالري الضعيف الذي ينتج عن تدنى شبكة الرى وعدم إشراك المزارعين في عملية الري فتدنى الانتاج
التخبط في السياسات الزراعية وقصر فترات وزراء الزراعة ومديري المشروع زاد الوضع سوءا
تدنى مستوى صيانه قنوات الرى كما ادى تراكم الطمى الى نمو غزير للحشائش في القنوات نفسها
زيادة أسعار المحروقات عالميا