تؤثر البيئة وظروفها على الكائنات الحية الدقيقة كأي كائن حي، فتغير المناخ كاىتفاع درجات الحرارة لأعلمى من درجة حرارة الكائن المثلى قد تؤدي لوفاته وتوقف نموه، أما الانخفاض فيؤدي لإبطاء النمو وإذا وصلت للتجمد سيموت الكائن.
كما أن الإشعاعات قصيرة التردد كالأشعة السينية والتفوق بنفسجية تعتبر سلاح فتاك وقاتل لهذه الكائنات.