عوامل تلوث المياه متعددة ومنها
- مياه المجاري الملوثة بالمنظفات والصابون والبكتيريا الضارة والميكروبات
- مياه الأمطار الملوثة بأكاسيد النيتروجين وذرات التراب وأكاسيد الكبريت خاصة التى تسقط في المناطق الصناعية
- المخلفات الصناعية التي تلقي بها المصانع في نهر النيل خاصة المصانع الكيميائية ومصانع الأغذية والتي تلوث المياه بالبكتريا والأصباغ وأملاح المعادن الثقيلة والأملاح السامة
- الأسمدة المستخدمة في الزراعة
- المبيدات الحشرية التي تستخدم في رش النباتات
- تسرب البترول الى مياه المحيطات والبحار الناتجة عن حوادث السفن المحملة بالبترول
- التفاعلات النووية التي تؤذي الماء حراريا
