أهم التحديات التي تواجه القوى الديمقراطية العلمانية والمدنية وأهم العقبات أمام تحقيق أهدافها هي:
تقديم الانتماء الطائفي والقومي والقبلي على الانتماء للوطن باعتماد مبدأ المواطنة.
تقديم مفاهيم الشريعة والعشيرة على مفاهيم الديمقراطية والمساواة والمواطنة.
حملة التكفير ضد القوى الديمقراطية المدنية والعلمانية.