انحاز عمار إلى جانب علي بن أبي طالب في حربه مع معاوية بن أبي سفيان بعد مقتل عثمان بن عفان، فشهد موقعة الجمل، ثم وقعة صفين. قُتل عمار بن ياسر في وقعة صفين في صفر سنة 37 هـ، وعمره 93 سنة، وهو يقاتل في صفوف جيش علي بن أبي طالب وهو شيخ طاعن في السن في يده حربة ترعد. وقد تواترت أحاديث عدة عن النبي محمد حول مقتل عمار بأنه: «تقتله الفئة الباغية»، عن رواة عدة منهم أم سلمة وأبو قتادة الأنصاري وأبو هريرة وعبد الله بن عمرو بن العاص وحذيفة بن اليمان وعثمان بن عفان وعبد الله بن مسعود وعبد الله بن عباس وآخرين. وقد ذكر أبو عبد الرحمن السلمي أنه رأى عمار بن ياسر يوم صفين لا يتوجّه في ناحية ولا واد من أودية صفين، إلا وأصحاب النبي محمد يتبعونه، كأنه علم لهم، كما سمعه يومئذ يقول لهاشم بن عتبة بن أبي وقاص: «يا هاشم، تفر من الجنة! الجنة تحت الهارقة، اليوم ألقى الأحبة، محمدًا وحزبه، والله لو ضربونا حتى يبلغوا بنا سعفات هُجَر لعلمت أنّا على حق، وأنهم على الباطل». وقد استرشد الكثيرون بذلك في أن الحق مع علي بن أبي طالب في حربه مع معاوية بن أبي سفيان كخزيمة بن ثابت الذي كان قد اعتزل القتال، حتى قُتل عمار فانضم إلى جيش علي. وقد أوصى عمار يوم قُتل، فقال: «ادفنوني فِي ثيابي، فإني مُخَاصِم». وقد صلّى علي بن أبي طالب على عمار، ولم يُغسّله، ودفنه في صفين. إن شاء الله تكونوا أستفدتوا
