ولد يوسف شاهين في أسرة مسيحية. ولكنه كان شخصا لا دينيا على حد قول صديقه رمسيس نجيب، أي أنه كان لا يفرق بين ديانة وأخرى وقضى حياته كلها لا يدخل مسجد أو كنيسة، ولكن وردت بعض المقولات أنه كان محبا الديانة الإسلامية وتفسير القران الكريم من الشيخ الشعراوى لكنه لم يسلم كما وردت الشائعات بعد موته.
