سلبيات الثورة الخضراء هى :
- حدوث التلوث البيئى
- حدوث ظاهرة تملح التربة
- استخدام المواد الكيماوية والاسمدة والمبيدات الحشرية لفترة طويلة يؤدى الى تغلغلها فى التربة فتتلوث
- تؤثر المواد الكيماوية بشكل كبير على صحة الانسان خاصة وان الفلاحين والمزارعين يتعاملون معها مباشرة